由相和歌发展起来的清商乐在北方得到曹魏政权的重视，设置清商署。两晋之交的战乱，使清商乐流入南方，与南方的吴歌、西曲融合。在北魏时，这种南北融合的清商乐又回到北方，从而成为流传全国的重要乐种。汉代以来，随着丝绸之路的畅通，西域诸国的歌曲以开始传入内地。北凉时吕光将在隋唐燕乐中占有重要位置的龟兹（今新疆库车）乐带到内地。由此可见当时各族人民在音乐上的交流已经十分普及了。
这时，传统音乐文化的代表性乐器古琴趋于成熟，这主要表现为：在汉代已经出现了题解琴曲标题的古琴专著《琴操》。三国时著名的琴家嵇康在其所著《琴操》一书中有"徽以中山之玉"的记载。这说明当时的人们已经知道古琴上徽位泛音的产生。当时，出现了一大批文人琴家相继出现，如嵇康、阮籍等，《广陵散》（《聂政刺秦王》）、《猗兰操》、《酒狂》等一批著名曲目问世。
南北朝末年还盛行一种有故事情节，有角色和化妆表演，载歌载舞，同时兼有伴唱和管弦伴奏的歌舞戏。这已经是一种小型的雏形戏曲。
这一时期律学上的重要成就，包括晋代荀瑁找到管乐器的"管口校正数"。南朝宋何承天在三分损益法上，以等差迭加的办法，创立了十分接近十二平均律的新律。他的努力初步解决了三分损益律黄钟不能还原的难题。
