昆曲在明末已显出衰落景象。明末清初（17世纪中叶），新的戏曲声腔在南北各地纷纷兴起，而且此起彼伏，名目繁多，后来以梆子腔和皮黄腔影响最大。它们的音乐结构形式，都不是如昆曲（包括以前的南北曲、诸宫调、唱赚）那样的曲牌联缀，而是上文提到过的“板腔体”。说唱和戏曲都有用板腔体的，到底谁先谁后，还难下结论。而戏曲音乐的板腔体大约是因为须直接表现戏剧情节的原因，比说唱音乐的板腔体要成熟得多。其它许多影响范围较小的戏曲（通称为“地方戏”）大多仍以“曲牌”为音乐的主要结构成份，曲牌来源则以当时当地的小调，或说唱，或歌舞音乐为主。
昆曲、梆子、皮黄腔（清中期以后称为“京剧”）和多数早、晚不同的地方戏都一直流传至今。
元杂剧、南戏、昆曲的伴奏乐器都以笛为主，加上鼓、板，十分简单。昆曲的伴奏乐器后来有所增加，最重要的变化是加用了锣、钹、小锣、板鼓（有时加堂鼓）等一整套组合成所谓“锣鼓”的打击乐器。“锣鼓”以简单的几件乐器，象万花筒一样将音色、节奏巧妙地加以变化而形成各种不同类型的组合，以表达诸如激烈、喜庆、紧急、舒徐、轻松、……等各种情绪、气氛，可谓达到了出神入化的地步。打击乐（锣鼓）在戏曲音乐中从此占有举足轻重、不可替代的地位。在戏曲乐队中，旋律乐器称为“文场”，锣鼓称为“武场”，锣鼓已与旋律乐器平分秋色，而执板又兼奏板鼓者便成为戏曲乐队中的指挥。后来的各种戏曲均效法昆曲，充分发挥了鼓、板的指挥和锣鼓的作用。
清代以后兴起的各种戏曲，大体上不再用笛作主奏乐器，而用新出现的、在宋代奚琴基础上加以改造成的各种“胡琴”类弓弦乐器主奏，例如梆子大都用板胡，京剧用京胡，各种地方戏大都用二胡。弓弦乐器在清代以后越来越显出它的重要了。
器乐发展比较迟缓，到清代才比较成熟。早在宋代，曾有一种拨弦乐器和吹管乐器的合奏形式，称为“细乐”。而“鼓吹”形式则从汉代以后一直没有断绝，宋以后尤盛。后来民间也发展起了由“鼓吹”脱胎而来的一些合奏形式，例如“笙管乐”、“鼓乐”等。明清之际，流行过称为“弦索”的器乐合奏，并传留下1814年的手抄谱，一共有十三套乐曲，由琵琶、三弦、筝、胡琴四种弦乐器演奏。
