音乐学院于2002年1月由原音乐系(1959年建系)和音乐教育系(1985年建系)合并组建而成。现设有作曲系、声乐系、键盘系、音乐教育系、管弦系、民乐系、音乐学系、现代音乐系以及云南民族音乐研究基地、CCTV青年歌手电视大奖赛云南代表队培训基地、现代远程音乐教育中心、钢琴艺术指导中心、展演中心、培训中心、研究生部、成人教育部、教学辅助工作室等机构。有作曲与作曲技术理论、音乐表演、音乐学(专业类、师范类)3个专业，2003年，音乐学取得硕士学位授予权。2007年取得在职高校教师攻读硕士学位授予权，2009年取得艺术专业硕士学位(MFA)授予权，2009年被云南省学位办列为云南省博士学位建设单位。作曲与作曲技术理论专业为国家教育部特色专业建设点，音乐学为省级重点学科，《和声》为省级精品课程，音乐教学实验与展演中心为省级建设的教学实验示范中心，复合型音乐人才培养模式创新实验区为云南省高等学校人才培养模式创新区。
音乐学院以人才培养为中心，抓住音乐教育的基点、特点、热点来建立专业学科，构建教学、科研、创作三位一体的人才培养模式，依托云南独有的民族音乐资源，借鉴当代世界优秀的音乐教育体系，传承云南少数民族音乐，弘扬中国传统音乐，培养面向二十一世纪的复合型音乐艺术人才，走民族音乐本土化教育的路子。办学近五十年来，为国家培养了7000多名音乐人才。办学层次有硕士研究生、全日制本科、专科、成人教育本科、专升本、专科，中央音乐学院远程教育本科、专科、专升本等。2009年9月，在校硕士研究生70人，全日制本科生1044人，成人教育学生230余人。
学院办学实力雄厚，有教职工87人，其中教授13人，副教授37人，讲师21人，助教13人。具有硕士生导师25人。副高职称以上的教师占65%。学院紧紧依靠师资和云南丰富多彩的民族音乐资源两个优势进行教学、科研、创作、展演，取得了丰硕成果。如：获省级教学成果一等奖，第五届全国金钟奖声乐比赛金奖，第十三届CCTV青年歌手电视大奖赛美声组金奖，中宣部“五个一”工程奖，全国合唱比赛金奖等。音乐学院党总支还重视党、团、工会的建设和校园文化建设，2008年7月，音乐学院党总支被中共云南省委评为先进基层党总支，2009年5月音乐学院团委被共青团云南省委评为“五四红旗团委”。
